Lyra Belacqua sólo tiene 12 años, pero incluso ella sabe que hacer lo que te dicen en lugar de hacer lo que sientes que está bien puede tener resultados muy diferentes. Huérfana rebelde que vive como una reclusa en Jordan College en la ciudad de Oxford, Lyra pertenece a un mundo que es uno de muchos mundos paralelos: mundos no vistos, dimensiones intangibles donde la humanidad se desarrolla con sutiles diferencias.

Pero Lyra nunca está sola en el suyo. Ella va a todas partes con su daimonion, un pequeño animal, siempre cambiante, llamado Pantalaimon. En otros mundos, el alma reside dentro del cuerpo de las personas, oculta y en silencio. En el suyo, el daimonion es un compañero de por vida.

Pero el mundo de Lyra está cambiando. El supremo cuerpo de gobierno llamado el Magisterium está apretando sus garras contra la población. Su oscura maniobra ha dado lugar a una erupción de secuestros de niños por una fuerza misteriosa llamada los Gobblers.

Los rumores que corren entre los navegantes Gipcios, que han perdido a muchos de los suyos a manos de los secuestradores, es que se están llevando los niños a una estación experimental en el norte para someterlos a experimentos innombrables.

Cuando el mejor amigo de Lyra, Roger, desaparece, ella jura viajar hasta el fin del mundo para rescatarlo.

Lord Asriel, el gallardo y áspero tío explorador de Lyra está al mismo tiempo organizando un viaje a esa región para intentar controlar el poder de un misterioso fenómeno llamado Dust que él piensa reside donde las luces del norte se cruzan sobre el helado Círculo Polar Ártico.

Desesperada por acompañar a su tío, pero siendo rechazada su petición, Lyra recibe una segunda oportunidad cuando la universidad recibe la visita de la Sra. Coulter, una seductora científica y conocedora del mundo. La Sra. Coulter saca a Lyra de su vida en Jordan, prometiéndole grandes aventuras en Londres y más allá.

Antes de irse, Lyra recibe un desconcertante dispositivo antiguo llamado el aletiómetro, que se dice le proporciona al portador toda la verdad, siempre que logre descubrir cómo hacer uso de él.

En el mundo de Lyra, existe el mito de un niño cuyo destino es justamente acabar con el destino. Es un niño que puede escribir su propia historia y que jugará un papel crucial en la guerra venidera. En su búsqueda para salvar a Roger, ¿podrá Lyra ser ese niño?

Congregando a una alianza inverosímil con una tribu de marineros Gipcios (Gitanos), una bruja misteriosa, un gran oso acorazado y un aviador de Tejas, Lyra emprende una aventura que la llevará a través del cielo y del océano, a las zonas salvajes del helado norte y a los misterios en el centro mismo del alma humana.

Se avecina una gran guerra. Una guerra que amenaza no sólo su mundo, sino a todos los mundos paralelos más allá de las luces del norte y Lyra necesitará toda su habilidad y todo su valor para pararla.