Cono Sur del continente americano en un futuro cercano (2068). Phizar, el jefe de la corporación Gloria Mundi, gobierna Darwin, una urbe que ha sufrido un caótico crecimiento y está aislada por una cúpula. El villano hace y deshace a su antojo, controla la información y somete por la fuerza a la población, que vive atemorizada.

El Doctor Crux es un viejo científico, rebelde y de ideas contrarias al sistema imperante. Después de fugarse de la prisión, logra activar desde el planetario de Darwin un satélite a través del cual intenta agitar a la población. Es perseguido y debe luchar.

Su hijo, el Capitán Juan Crux, está en las filas de Gloria Mundi. Lo llaman a la acción y, cuando acude, descubre que su padre es el protagonista del atentado. Vacila. Entre los dos hay discrepancias, no piensan lo mismo, están separados desde hace años. En medio de esa situación, sin saberlo, recibe la clave que posibilita activar el satélite.

Juan Crux desobedece las órdenes de capturar a su padre y le permite escapar. Prisionero de Phizar, éste lo sentencia a cadena perpetua. Durante el traslado, acompañado de Sigmund —un psicorrobot portátil—, toma el control de la nave carcelera, pero misteriosamente cae en el Amazonas, donde conoce a Zonia, bella sacerdotisa de El Dorado, y a Yunko, un niño aborigen.

Allí son ferozmente atacados por la Corporación. Logran escapar, y juntos siguen este viaje iniciático hasta llegar al Machu Picchu, donde el Amauta —un brujo profético— lo llama “Cuntur” (Cóndor) y le indica su destino: buscar la Cruz del Sur.

Inesperadamente, Phizar secuestra a Zonia, impulsando al Capitán Crux a aceptar la profecía. Tras una épica travesía junto a Yunko hacia los Glaciares del Sur, se reencuentra con su padre en un refugio de científicos exiliados del régimen. Yunko, impensado poseedor de la necesaria clave, permite al Doctor Crux activar nuevamente el satélite y movilizar a los ciudadanos de Darwin.

El Capitán Crux, convertido en un hombre distinto, regresa solo en un viejo avión Antonov para enfrentarse a Phizar. Liberará a la población del yugo de la Corporación y el futuro lo recordará como el héroe fundador de una Nueva Darwin.