Michael Clayton trabaja en uno de los bufetes más importantes de Nueva York. A instancias del cofundador de la empresa Marty Bach, Clayton, que viene de una familia de policías, abandona su anterior trabajo como fiscal para hacer los trabajos más sucios de Kenner, Bach & Ledeen. Clayton se encarga de arreglar los líos en los que se meten los clientes del bufete, un puesto que le lleva a lidiar con cualquier cosa, desde atropellos con conductores dados a la fuga hasta historias perjudiciales que podrían aparecer en la prensa, pasando por mujeres cleptómanas y políticos deshonestos. A pesar de estar quemado y descontento con su trabajo, Clayton no puede desligarse de Kenner, Bach & Ledeen: se le amontonan las deudas después de su divorcio, sus problemas con el juego y un negocio fallido.

El futuro de la consejera delegada de la empresa agro-química U/North, Karen Crowder, depende de la resolución multimillonaria de una querella colectiva que la empresa de Clayton parece estar llevando a buen puerto. Cuando el mejor fiscal de Kenner, Bach & Ledeen, el brillante Arthur Edens, sufre una crisis y posteriormente intenta sabotear el caso U/North, el bufete recurre a Michael Clayton para solucionar este desastre sin precedentes. Al hacerlo, Michael debe enfrentarse a la persona en la que se ha convertido.