Tras la derrota de su viejo archienemigo Shredder, Las Tortugas se han distanciado las unas de las otras. Su sensei, la rata Splinter, lucha por mantenerlos juntos y se inquieta cuando extraños sucesos empiezan a fraguarse en Nueva York. El magnate de la industria tecnológica Maximillian J. Winters esta levantando un ejercito de viejos monstruos, y solo un grupo de superninjas podrá detenerlos: Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael. Con la ayuda de sus viejos aliados April ONeil y Casey Jones, las Tortugas se preparan para la pelea de sus vidas, ya que tienen que enfrentarse una vez mas al misterioso Foot Clan, que ha puesto sus habilidades ninja al servicio de Winters.